از مباحثی که در کلاس‌های روش تحقیق به خصوص در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری مورد بحث قرار می گیرد، شیوه ی رفرنس دهی در مقالات و پایان نامه‌ها می باشد. اگرچه دانستن مبانی رفرنس دهی و شیوه‌های مختلف آن مفید است، اما به علت گستردگی شیوه ها و استفاده ی نشریات مختلف از روش های مختلف باعث ناکارآمدی روش‌های دستی و قدیمی شده است. امروزه با وجود نرم افزارهای مختلف، محقق تنها با استفاده از چند کلیک می توانید رفرنس دهی را به سریع ترین شیوه ممکن و با کمترین خطا انجام دهد.
نرم افزار( Mendeley) یک نرم افزار پرقدرت مدیریت مراجع و شبکه‌های اجتماعی علمی است که به همه پژوهشگران امکان پیدا کردن آخرین مقالات و تحقیقات علمی، همچنین مشارکت، اشتراک‌گذاری و سازماندهی آن با سایر افراد شبکه را ایجاد می‌کند، با استفاده از این نرم افزار می‌توان به راحتی وبا سرعت، کار رفرنس دهی را انجام داد. لذایکی از بهترین و دقیق ترین نرم افزارهایی رفرنس دهی می باشد که در سال های اخیر به علت رایگان بودن تمامی امکانات یکی از بهترین گزینه های موجود می باشد. با استفاده از این نرم افزار محققان می‌توانند به ۱۶۰۰ نوع مختلف اجاع دهی نمایند. همچنین سازگار بودن این نرم افزار با سیستم عامل های ویندوز، مک، اندروید و آی او اس بر محبوبیت این نرم افزار افزوده است.
نرم افزار دیگری که در این زمینه مناسب است، نرم‌افزار اندنوت (EndNote) است که برای فهرست نویسی و مرجع منابع برای پایان‌نامه و مقاله علمی توصیه می شود..این نرم افزار از قدیمی ترین نرم افزارهای موجود رفرنس دهی می باشد و شهرت خود را مدیون سابقه طولانی خود می داند.برای استفاده از این نرم افزار بایستی هزینه پرداخت کرد. اما با توجه به هزینه ی بالا این نرم افزار، استفاده ی قانونی در ایران مرسوم و مقرون به صرفه نمی باشد و اغلب از نسخه ی کرک شده استفاده می شود. با توجه به قدمت این نرم افزار و جامع بودن آن، سایت های معروفی همانند گوگل اسکالر این نرم افزار را مورد استفاده قرار می دهند.
همچنین زوترو (Zotero) نیز برای مراجع و منابع علمی است، توصیه می شود. این نرم افزار نیز همانند مندلی یک نرم افزار رایگان برای رفرنس دهی مقالات و اسناد علمی می باشد. این نرم افزار قابلیت رفرنس دهی به فایل های صوتی و تصویری و هر چیز دیگری که قابل رفرنس دهی باشد را دارد. مخصوصاً در تحلیلهای کیفی و گزارشهای مصور می‌توان استفاده نمود.منبع: (یونس اسکندری، 1403)